Zooplankton - organizmy zwierzęce mniej lub bardziej biernie unoszące się w toni wodnej. W skład tej grupy wchodzą zarówno zwierzęta jednokomórkowe, jak i wielokomórkowe organizmy o złożonej budowie: wrotki, skorupiaki oraz dorastające do kilkudziesięciu centymetrów średnicy meduzy - chełbia modra i bełtwa. Ponadto w zooplanktonie Bałtyku licznie występują larwy ryb, wieloszczetów oraz mięczaków.
Zooplankton Bałtyku jest taksonomicznie ubogi. W jego skład wchodzą głównie skorupiaki będące przedstawicielami widłonogów (Copepoda), wioślarek (Cladocera) i szczeponogów (Mysidaceae). Dość liczne są również wrotki (Rotifera), pierwotniaki (Protozoa) i meduzy krążkopławów (Scyphozoa). Do planktonu zwierzęcego zalicza się ponadto jaja oraz larwy wielu zwierząt dennych (wieloszczetów, skorupiaków, ślimaków, małży, mszywiołów), a także wielu gatunków ryb. Tę ostatnią grupę określa się mianem meroplanktonu.
Podobnie jak w przypadku innych grup zwierząt bałtyckich, tak i wśród zooplanktonu obserwuje się zróżnicowanie składu jakościowego i ilościowego w zależności od rejonu. Na zachodzie dominują morskie gatunki widłonogów. Im dalej na wschód i północ tym powszechniejsze stają się gatunki słonawowodne, a w wysłodzonych zatokach i zalewach gatunki słodkowodne, w tym głównie wioślarki i wrotki.
Zooplankton bałtycki rozwija się najliczniej w miesiącach późnowiosennych i letnich. Wiosną znaczny procent stanowią widłonogi, natomiast głównym składnikiem zooplanktonu letniego są ciepłolubne wioślarki.
Cechą charakterystyczną większości organizmów zooplanktonowych są wędrówki dobowe. Wieczorem zwierzęta te podpływają ku powierzchni wody w poszukiwaniu pokarmu, którym jest zwykle fitoplankton. Przed świtem opuszczają się w głębsze warstwy wody, unikając w ten sposób zbyt intensywnego oświetlenia. W Bałtyku amplituda wędrówek zooplanktonu może dochodzić do 30 m.
