Utworzyło się około 12 tysięcy lat temu z wód topniejącego lodowca. Zajmowało obszar dzisiejszego Bałtyku właściwego, a jego poziom był o ponad 20 m wyższy od ówczesnego poziomu oceanu. Nadmiar wód słodkich spływał prawdopodobnie w kierunku północno-wschodnim do Morza Białego. Przypuszcza się, że również na zachodzie mogło istnieć wąskie połączenie z Morzem Północnym. Surowy, arktyczny klimat, zbliżony do klimatu współczesnej Grenlandii, nie sprzyjał rozwojowi roślin i zwierząt - fauna i flora wód Jeziora Lodowcowego były bardzo ubogie, składały się głównie z gatunków słodkowodnych.

W wyniku cofania się lodowca, na obszarze południowej Szwecji stopniowo wyłaniał się pomost lądowy, oddzielający Bałtyk od oceanu. Około 10 tysięcy lat temu został on przełamany i rwąca rzeka wód bałtyckich ruszyła na zachód, aż do wyrównania poziomu z oceanem. Następnie przez otwarte połączenie z Morzem Północnym zaczęła napływać słona woda oceaniczna. Jezioro stopniowo przekształcało się w zbiornik morski, który nazwano Morzem Yoldiowym od dominującego w nim małża Yoldia (Portlandia) arctica. Przypuszcza się, że w okresie tym istniało jeszcze połączenie z Morzem Białym i tą drogą napływały do ówczesnego morza gatunki arktyczne, z których część przetrwała w Bałtyku do dziś.

Około 9 tysięcy lat temu lodowiec niemal całkowicie stopniał i uwolniony od ogromnego ciężaru ląd obecnej Skandynawii zaczął się podnosić. W efekcie nastąpiło odcięcie Bałtyku od wód oceanicznych i przekształcenie Morza Yoldiowego w ogromne wysłodzone jezioro, zasilane wodami rzek i strumieni spływających z resztek lodowca. Zasiedliła je typowa fauna słodkowodna, gatunki morskie niemal całkowicie wyginęły. Szczególnie licznie występował ślimak przytulik - Ancylus fluviatilis, od którego nazwano powstały zbiornik Jeziorem Ancylusowym. Nastąpiło znaczne ocieplenie klimatu.

Wskutek podniesienia się poziomu oceanu, około 7 tysięcy lat temu, nastąpiło połączenie Jeziora Ancylusowego z Morzem Północnym przez cieśniny duńskie. Napływ wód oceanicznych spowodował wzrost zasolenia i kolejne przekształcenie Bałtyku w zbiornik słonawowodny, w którym zasolenie było o 5-6 ‰ wyższe niż obecnie. Wraz z wodami oceanicznymi dostała się tu fauna i flora borealna, występująca w Bałtyku do dziś. Dominującym gatunkiem był ślimak pobrzeżek Littorina littorea. Nastąpiło dalsze ocieplenie klimatu, temperatura u południowych brzegów Bałtyku była 2-3°C wyższa od dzisiejszej.

Z końcem okresu litorynowego (ok.3 tys. lat temu) nastąpiło ponowne podniesienie się dna w cieśninach duńskich. Spowodowało to słabszy dopływ wód oceanicznych z Morza Północnego i obniżenie zasolenia Bałtyku. Powstało typowe morze słonawe, jakie znamy dzisiaj.

Gatunki przewodnie poszczególnych faz rozwoju Bałtyku