Zauważyć można również bardzo wyraźną zmienność sezonową. Wiosną, kiedy jest coraz więcej światła słonecznego, a woda ociepla się i znajduje się w niej dużo biogenów, rozpoczyna się zakwit okrzemek, a zaraz po nim bruzdnic. Zakwity te mogą być bardzo intensywne - w sprzyjających warunkach liczebność fitoplanktonu może sięgać kilkuset milionów osobników na m3 wody. Latem w miarę wzrostu temperatury wód oraz wyczerpywania się substancji odżywczych, okrzemki ustępują miejsca sinicom, zdolnym często asymilować azot atmosferyczny. Bardzo intensywne zakwity sinic obserwowane w ostatnich latach są zjawiskiem niekorzystnym, gdyż wśród nich znajduje się wiele gatunków toksycznych i potencjalnie toksycznych. Jesień to pora ponownego panowania okrzemek reprezentowanych jednak przez inne gatunki niż wiosną. Mogą również pojawiać się zakwity bruzdnic. Zimą liczebność fitoplanktonu jest bardzo niska - większość gatunków przeczekuje ten niekorzystny okres w postaci form przetrwalnych.